Deteksi dan identifikasi virus-virus reassortant highly pathogenic avian influenza H5N1 clade 2.3.2.1c dengan teknik next generation sequencing

Senin, 23 Juli 2018 00:53:12 | dibaca : 71 kali
deteksi_dan_identifikasi_virusvirus_reassortant_highly_pathogenic_avian_influenza_h5n1_clade_2321c_dengan_teknik_next_generation_sequencing

Buletin Laboratorium Veteriner Volume 18 Nomer 1 Tahun 2018, Artikel 1

Deteksi dan identifikasi virus-virus reassortant highly pathogenic avian influenza H5N1 clade 2.3.2.1c dengan teknik next generation sequencing

 

Hendra Wibawa, Rama Dharmawan, Herdiyanto Mulyawan, Trian Mahawan,

Eko A Srihanto, Yuli Miswati, Nensy M Hutagaol, Arif Riyadi,

Dinar H.W. Hartawan, Ferra Hendrawati, Deswarni, Farida C Zenal,

Nining Hartaningsih, Bagoes Poermadjaja.

 

1 Balai Besar Veteriner Wates, 2 Balai Veteriner Subang, 3 Balai Veteriner Lampung,

4 Balai Veteriner Bukittinggi, 5 Balai Veteriner Medan, 6 Balai Veteriner Banjarbaru,

7 Balai Besar Veteriner Denpasar, 8 Balai Besar Veteriner Maros,

9 Balai Kesehatan Hewan dan Ikan Jakarta, 10 FAO Indonesia, Jakarta

 

 

Abstrak :

Salah satu sifat virus avian influenza (AI), termasuk virus dari kelompok ganas atau highly pathogenic AI (HPAI) subtipe H5N1, adalah kemampuan untuk terus berubah melalui mekanisme mutasi (mutation) dan persilangan/reasorsi (reassortment) genetik. Penelitian ini bertujuan untuk mengkharakterisasi virus-virus H5N1 terkini dengan pendekatan whole genome sequencing. Teknik Next Generation Sequncing (NGS) digunakan oleh Balai Besar Veteriner Wates untuk melakukan sekuensing sampel-sampel yang dikoleksi oleh Balai Besar Veteriner/ Balai Veteriner di seluruh Indoesia dari kasus-kasus outbreak kematian unggas pada Desember 2015 - April 2016. Hasil sekuens penuh (full-length) genom virus AI (terdiri dari 8 segmen: PB2, PB1, PA, HA, NP, NA, MP, NS) diblast dalam database genom influenza di Genbank, dilanjutkan analisa filogenetik, dan kharakterisasi asam-asam amino yang berperan dalam patogenesis virus HPAI. Hasil studi menunjukkan bahwa reassorsi genetik teridentifikasi pada beberapa segmen gen internal (PB2, M dan NS) dari virus H5N1 yang saat ini dominan ditemukan pada unggas di Indonesia (clade 2.3.2.1) dengan virus H5N1 yang ditemukan sebelumya (clade 2.1.3.2). Selain itu juga terdeteksi adanya virus-virus reassortant HPAI H5N1 Clade 2.3.2.1 yang memiliki segmen gen internal PB2 yang diduga berasal dari virus-virus low pathogenic AI (LPAI). Hasil ini mengindikasikan adanya sirkulasi bersama beberapa virus AI dari jenis cladedan subtipe yang berbeda-beda, yang berdampak terjadinya infeksi campuran (co-infection) pada satu species inang sehingga menghasilkan virus-virus reassortant.  Surveilans pada aras molekuler sangat dibutuhkan untuk terus memonitor perkembangan evolusi virus AI di Indonesia.

 

Kata kunci: Avian influenza, whole genome sequencing, reassortment, NGS



 

 

 

 

 

 

Apabila menginnginkan Artikel lengkap, silahkan download File PDF dibawah ini :

 

 


Deteksi dan identifikasi virus-virus reassortant highly pathogenic avian influenza H5N1 clade 2.3.2.1c dengan teknik next generation sequencing 1